قضايا تتعدّى الحدود الإقليمية

1. نزاعات دوليّة

    لإندونيسيا هدف محدد للسياسة الخارجية، وهو إقامة حدود أرضية وبحرية ثابتة ومتوازنة مع جميع جيرانها.

أ. مع تيمور الشرقية: قامت اللجنة المعنية بترسيم الحدود بين إندونيسيا وتيمور الشرقية بترسيم الحدود ما عدا ثلاثة أماكن في الحدود البرية، منها موقعين في منطقة أوكوسي Oecussi المعزولة. ولم يتم ترسيم الحدود البحرية بينهما أو تحديد المناطق الاقتصادية الخاصة بين الدولتين. وكثير من المهاجرين من تيمور الشرقية الذين تركوها عام 2003، ما زالوا في إندونيسيا رافضين ترحيلهم إلى تيمور الشرقية.

ب. مع استراليا: حلت معاهدة عام 1997 بين إندونيسيا واستراليا مشاكل بعض الأجزاء من حدودهما البحرية والمنطقة الاقتصادية الخاصة بكل بلد، ولكن المجلس التشريعي الإندونيسي لم يصادق على المعاهدة حتى الآن. وتتحدى المجموعات الإندونيسية المطالب الأسترالية في الشعب المرجانية في أشمور، ولقد أغلقت استراليا بعض مناطق الصيد التقليدي أمام أندونيسيا في أشمور وكارتير، ووضعت بعض العقبات على بعض أنواع الصيد.

ج. مع ماليزيا: أعطت محكمة العدل الدولية ماليزيا، في عام 2002، جزر سيبادان، وليجيتان، وتركت حق السيادة على بونارانج روك والحدود البحرية في أمبالات في بحر سيليبيز Celebes الغنية بالنفط محل نزاع. وحث قرار محكمة العدل الدولية إندونيسيا لتؤكد مطالبتها، وأن يكون لها حضور في جزرها الخارجية الصغيرة. ولا تزال تجري مباحثات بين الدولتين بشأن الحدود البرية والبحرية، وبشأن بعض مناطق النزاع، التي من بينها مناطق تانجنج داتو Tanjung Datu وكمار وولان Camar Wulan التي تقع على الحدود في بورنيو Borneo والحدود البحرية في أمبالات Ambalat في بحر سليبيز الغنية بالنفط.

د. مع سنغافورة: لا زالت ماليزيا وسنغافورة تعملان على وضع اللمسات الأخيرة على الاتفاقية، التي توصلت إليها في عام 1973، بشأن الحدود البحرية وذلك عن طريق تحديد المناطق التي لم يحل الخلاف حولها، شمال جزيرة باتام الإندونيسية.

هـ. مع بابوا غينيا الجديدة: يتسبب الإنفصاليون والمنشقون الإندونيسيون والمهاجرون غير الشرعيين، في إثارة المشاكل، لبابوا غينيا الجديدة، رافضين إعادة ترحيلهم إلى بلادهم، ولا تزال القرصنة البحرية تسبب المشاكل في مضيق ملقا. والمباحثات مستمرة لتحديد التخوم البحرية مع بالاو.

2. اللاجئون والمشردون داخلياً، طبقاً لتقديرات عام 2011

المشردون داخلياً، حوالي 180 ألف فردٍ، نتيجة الهجمات الحكومية ضد المتمردين في إقليم أتشيه، ومعظمهم في أتشيه (وسط كاليمانتان، ووسط أقاليم سولاويسي، ومالوكو).

3. المخدرات

إندونيسيا من الدول المنتجة للقنب، الذي يُستخدم جزء كبير منه، محلياً، وتتزايد أهميتها كمنتج لحبوب الميثامفيتامين والنشوة.